La struttura architettonica della chiesa, in stile tardo gotico, ci viene delineata a fine Ottocento da Giuseppe Polizzi, che si sofferma sulla descrizione del corpo longitudinale.

“La navata principale a carena è molto più alta del cappellone e delle navate laterali, le quali sono congiunte alla navata centrale per mezzo di arcate leggermente acute impostate sopra robusti pilastri, su cui si appoggiano ancora le volte a crociera piuttosto scontorte che acute, che coprono le suddette navate laterali”.

Quello che emerge dalla storiografia successiva sottolinea soprattutto la grande disparità tra la spinta innovativa dell’impianto decorativo del Ferraro e l’arretratezza della struttura architettonica.

In una prima fase l’edificio risentì di quelle che erano le esigenze e le pratiche dell’ordine religioso dei domenicani, pur considerando l’apporto della famiglia Tagliavia.

Successivamente la volontà di una personalità forte, come quella di Carlo D’Aragona, mutò radicalmente l’edificio in relazione al clima culturale nel quale viveva.

La chiesa che ora si presenta con un impianto a tre navate senza transetto con presbiterio e abside a forma rettilinea, in origine prevedeva un’unica navata con cappelle laterali.

Giovanni Antonio e Giovan Vincenzo Tagliavia hanno realizzato un edificio di dimensioni inferiori all’attuale, limitato alla navata centrale con cappelle laterali, più ridotte rispetto alle attuali.

La prova di queste mutazioni architettoniche è evidente sia da alcuni elementi visibili dell’edificio stesso, ma anche dal carattere stilistico di alcune sue parti.

Tracce dell’assetto originario dell’edificio si riscontrano nella finestra ogivale presente nella facciata settentrionale che sorge ad un livello nettamente inferiore a quello delle attuali finestre che illuminano la navata centrale.

Sulla facciata principale sono visibili i resti di due archi di scarico, al di sotto dei quali si apriva una bifora più bassa dell’attuale, rinvenuta durante i lavori di restauro e presentava con molta probabilità elementi di ispirazione aragonese catalana.

Le differenze stilistiche tra la struttura esistente e le trasformazioni subite in seguito, invece, sono visibili in alcune campate sotto gli stucchi dei Ferraro e negli archi ogivali posti tra la navata principale e le navate laterali.

Fanno parte della struttura antecedente gli archi acuti tra la navata principale e le cappelle, come anche l’altezza della navata centrale doveva essere inferiore all’attuale.

Seguendo l’indirizzo del Quattrocento e del primo Cinquecento, Francesco Aragona Tagliavia fa aggiungere al corpus della chiesa la cappella del coro.

Carlo d’Aragona e Tagliavia, nella volontà di rendere più imponente il mausoleo della famiglia e di adeguarlo ad un nuovo gusto, innalza la navata centrale modificandone sia la struttura che le caratteristiche stilistiche.

Per bilanciare i carichi vennero costruiti i contrafforti sul lato settentrionale, mentre sul lato meridionale vennero innalzate le fabbriche del convento con la realizzazione dell’appartamento dello stesso principe.

Per reggere i nuovi carichi fu necessario quindi realizzare gli archi posti a pieno centro tra i pilastri della navata centrale e i muri laterali delle navate minori, ecco spiegato il motivo per cui si crede che le antiche cappelle furono ampliate e poste in comunicazione fra loro.